Kolonkarzinom, hereditäres im EDTA-Blut

Klinische Indikation

5 bis 10 % aller kolorektalen Karzinome (CRC) entstehen auf der Grundlage hereditärer Prädispositionen, die zumeist einem autosomal-dominanten Erbgang folgen. Im Wesentlichen unterscheidet man das Lynch-Syndrom/ HNPCC (hereditäre kolorektale Karzinom ohne Polyposis) und Adenomatöse Polyposis-Syndrome.

Das Lynch-Syndrom wird durch Gendefekte des DNA-Mismatch-Reparatursystems (MSH2-, MLH1-, MLH6-, PMS2-Gen) sowie des EPCAM-Gens verursacht. Es ist zumeist durch einzelne kolorektale Adenome oder Karzinome charakterisiert, die sich klinisch nicht von sporadischen Tumoren unterscheiden lassen.

Die klassische familiäre adenomatöse Polyposis (FAP) ist die häufigste Form der adenomatösen Polyposis-Syndrome und wird durch Defekte im Tumorsuppressorgen APC hervorgerufen. Neben mehr als 100 kolorektalen Polypen, entwickeln die meisten Patienten auch extrakolische Manifestationen. Die attenuierten familiären Polyposis (AFAP) ist durch wenige kolorektale Adenome und/ oder ein späteres Erkrankungsalter charakterisiert. Die wichtigste Differenzialdiagnose stellt die MUTYH-assoziierte Polyposis (MAP) dar, die durch Genvarianten im MUTYH-Genverursacht und autosomal-rezessiv vererbt wird. In seltenen Fällen des CRC lassen sich pathogene Varianten in anderen Genen nachweisen.

Beurteilung

Die kodierenden Exone und benachbarten Intronbereiche der krankheitsrelevanten Gene werden mittels Hybridisierungstechnologie angereichert und anschließend mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung (NGS, next generation sequencing) auf einem MiSeq-System (Illumina) analysiert. Die bioinformatischen Auswertung der Primärdaten erfolgt mittels CLC Genomic Workbench (Qiagen), wobei verschiedene Auswertealgorithmen zum Einsatz kommen, die eine Identifizierung bekannter und neuer Genvarianten im Kontext mit dem humanen Referenzgenom (hg19) ermöglichen.

Zur Bestätigung von identifizierten pathogenen Genvarianten und/ oder Kopienzahlveränderung (CNV, copy number variations), sowie bei gezielten Anforderungen auf einzelne Risikogene oder bekannte Genvarianten kommen Sanger-Sequenzierung und MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification) zum Einsatz. Die funktionelle Klassifizierung und Bezeichnung der Genvarianten erfolgt entsprechend der Richtlinien der ACMG (Richards et al. 2015, PMID:25741868) und der HGVS (https://varnomen.hgvs.org/). Zur funktionellen Klassifizierung werden neben öffentlichen Datenbanken auch in silico Vorhersagealgorithmen (z.B. Mutationtaster, SIFT) verwendet.

Sonstiges

Stand: 21.11.2022

nicht akkreditiertes Verfahren