Tumorprädispositionssyndrom im EDTA-Blut

Klinische Indikation

Hereditär-bedingte Tumorprädispositionssyndrome beruhen mehrheitlich auf loss of function-Mutationen in Tumorsuppressorgenen (z.B. TP53) und zu einem geringen Anteil auf gain of function-Mutationen in Onkogenen (z.B. KIT). Die pathogen Genvarianten werden im Regelfall autosomal dominant vererbt und verursachen organspezifische Tumore (z.B. CDH1: Magenkarzinom; KIT: Gastrointestinaler Stromatumor) bzw. mehrere Organsysteme betreffende Tumore (z.B. TP53: Li-Fraumeni Syndrom; TSC1/TSC2: Tuberöse Sklerose, Nierenzell-, Pankreas-Karzinom).

Beurteilung

Die kodierenden Exone und benachbarten Intronbereiche der krankheitsrelevanten Gene werden mittels Hybridisierungstechnologie angereichert und anschließend mittels Hochdurchsatz-Sequenzierung (NGS, next generation sequencing) auf einem MiSeq-System (Illumina) analysiert. Die bioinformatischen Auswertung der Primärdaten erfolgt mittels CLC Genomic Workbench (Qiagen), wobei verschiedene Auswertealgorithmen zum Einsatz kommen, die eine Identifizierung bekannter und neuer Genvarianten im Kontext mit dem humanen Referenzgenom (hg19) ermöglichen.

Zur Bestätigung von identifizierten pathogene Genvariante und/ oder Kopiezahlveränderungen (CNV, copy number variations), sowie bei gezielten Anforderungen auf einzelne Risikogene oder bekannte Genvarianten kommen Sanger-Sequenzierung und MLPA (multiplex ligation-dependent probe amplification) zum Einsatz. Die funktionelle Klassifizierung und Bezeichnung der Genvarianten erfolgt entsprechend der Richtlinien der ACMG (Richards et al. 2015, PMID:25741868) und der HGVS (https://varnomen.hgvs.org/). Zur funktionellen Klassifizierung werden neben öffentlichen Datenbanken auch in silico Vorhersagealgorithmen (z.B. Mutationtaster, SIFT) verwendet.

Sonstiges

Stand: 21.11.2022

nicht akkreditiertes Verfahren